Cum de a desena o dipeptidă la un ph specific

Acest ghid va oferi o introducere în definiții, aminoacizi de bază și un exemplu de tragere a unei dipeptide. O dipeptidă constă din două resturi de aminoacizi în timp ce polipeptidele constau în mai mult de două. Aceste structuri sunt importante deoarece ajută la alcătuirea proteinelor în organism și, de asemenea, au roluri în mecanismele de reacție. Prin tragerea coloanei vertebrale și a grupărilor funcționale, vor fi date pași detaliați pentru a învăța cum să modifice acele grupuri pe baza unui pH specific, o scară de măsurare a acidității sau a bazineității unei soluții. Știind cum va arăta structura în anumite condiții, acest lucru va oferi studenților o mai bună înțelegere a modului în care sunt folosite în reacții. De asemenea, ajută la desenarea peptidelor constând din mai mult de doi aminoacizi.

Pași

Partea 1 din 3:
Definiții de învățare și structurile de bază.
  1. Imagine intitulată Shot 2021 02 20 la 6.58.54 PM.jpg
1. Cunoașteți definițiile de bază. O dipeptidă este un compus organic constând din doi aminoacizi. Are două componente, o coloană vertebrală și grupuri funcționale atașate.
  • 2. Aflați cei 20 de aminoacizi de bază. Cei 20 de aminoacizi pot fi găsiți printr-o căutare pe Internet. Să învețe structurile, abrevierile cu trei litere și grupurile lor funcționale care vor fi utilizate ulterior pentru a înlocui "R" În structura de bază.
    • Partea 2 din 3:
    Desenarea dipeptidei de bază
    1. Desenați un singur aminoacid. Fiecare amino începe cu un capăt de amină (NH3 +) și un capăt carbonil (COO-). Începând cu sfârșitul aminei, scrieți "NH3+" și de acolo, trageți o linie până la dreapta, creând un punct numit C1 pentru a reprezenta carbonul 1. Apoi, de la C1, trageți o linie în jos și spre dreapta pentru a crea un alt punct numit C2. În cele din urmă, de la C2 trage o linie până la dreapta și la sfârșitul liniei scrie "O-". La C1 trage o linie dreaptă și scrie "R" Pentru a reprezenta un grup funcțional care va fi înlocuit mai târziu. La c2, trageți două linii direct în jos și scrieți "O". Aceasta completează un desen al unui singur aminoacid.
    Imagine intitulată Ecran Shot 2021 02 20 la 7.32.44 P.jpg
  • Imagine intitulată Ecranul Shot 2021 02 20 la 7.38.22 PM.jpg
    Imagine intitulată Ecranul Shot 2021 02 20 la 7.38.22 PM.jpg
    2. Conectați doi aminoacizi. Pentru a crea o dipeptidă, trebuie conectate un singur aminoacizi. Porniți din nou desenul așa cum este menționat în pasul anterior, dar la C2, trageți linia până la dreapta și scrieți "NH" la sfârșit în loc de "O". De acolo, trageți o linie în jos și spre dreapta pentru a crea un punct numit C3. La C3, o linie va fi întocmită spre dreapta pentru a crea un punct numit C4. În cele din urmă, o linie va fi trasă în dreapta și la sfârșitul liniei de scriere "O-". La C3, trageți o linie dreaptă în jos și scrieți "R" , care va fi ulterior înlocuită de un grup funcțional. La c4, trageți două linii direct și scrieți "O" la sfarsit. Aceasta completează un desen al unei dipeptide de bază.
    • Partea 3 din 3:
    Adăugarea grupurilor funcționale
    1. Imagine intitulată Ecranul Shot 2021 02 20 la 8.11.40 pm.jpg
    1. Uită-te la abrevierea de trei litere și alegeți aminoacidul corect. De exemplu, Dipeptida Tyr-Lys va fi folosit ca exemplu. Aminoacizii corecți sunt desenați mai jos.
  • Imagine intitulată Ecran Shot 2021 02 20 la 8.37.44 PM.jpg
    Imagine intitulată Ecran Shot 2021 02 20 la 8.37.44 PM.jpg
    2. A inlocui "R" cu grupurile funcționale de aminoacid. La C1, grupul funcțional de Tyr va fi tras pentru a înlocui "R". La C3, grupul funcțional de Lys va fi tras pentru a înlocui "R".
  • 3. Știți cum se termină pH-ul și grupurile funcționale. Pe baza pH-ului o dipeptidă este la, iar relativul PKA Valori, aceasta determină dacă capătul de amină, capătul carbonil și grupurile funcționale specifice sunt protonate (H adăugate) sau deprotonate (H luate).

    • Dacă Ph< PKA, Apoi este protonată. Dacă Ph>PKA, Apoi este deprotonată. O masă a aminoacidului PKA Valorile sunt afișate, dar focalizarea va fi pe PKA din lanțurile laterale indicate în roșu.

    Imagine intitulată Shot 2021 02 26 la 9.47.42 pm.jpg
    Imagine intitulată Shot 2021 02 26 la 9.47.42 pm.jpg
    1. Imagine intitulată Ecran Shot 2021 02 20 la 8.43.50 PM.jpg
      Imagine intitulată Ecran Shot 2021 02 20 la 8.43.50 PM.jpg
      1. Alter se termină pe baza pH-ului specific. PH-ul din acest exemplu va fi pH 7. Pentru capătul aminei, PKA va fi întotdeauna 9. Deoarece PhA, capătul aminei este protonat și va rămâne NH3 + (dacă este deprotonat, acesta va fi NH2). Pentru capătul carbonil, PKA va fi întotdeauna 3. Deoarece Ph>PKA, capătul carbonil este deprotonat și va rămâne O- (dacă protonează va fi OH).
    2. 2. Modificați grupurile funcționale pe baza pH-ului specific. Numai lanțurile laterale acide și de bază vor fi modificate, precum și de aminoacizii polari cisteină și tirozină. Consultați tabelul din partea 3, pasul 3.

    PKA de Tyr = 10.07, pH-ulA Deci, acesta va fi protonat și va rămâne Oh (dacă este deprotonat, acesta va fi O-).PKA de Lys = 10.79, pH-ulA, este protonată, astfel încât va fi NH3 + (dacă este deprotonată va fi NH2).

    În cele din urmă, ați completat un desen al unei dipeptide la un anumit pH.

    Imagine intitulată Shot 2021 02 26 la 9.15.10 pm.jpg
    Imagine intitulată Shot 2021 02 26 la 9.15.10 pm.jpg

    sfaturi

    Partajați pe rețeaua socială:
    Similar