Cum se determină conținutul gc al unei secvențe adn

Conținutul de guanină-citozină sau conținutul GC, al unei secvențe ADN indică procentajul perechilor de bază nucleotide unde guanina este legată la citozină. ADN-ul cu un conținut GC mai mare va fi mai greu de despărțit.

Pași

Metoda 1 din 2:
De mana
  1. Imagine intitulată 7114843 1
1. Urmăriți prin secvența și numărul de nucleotide de citozină (C) sau guanină (g).
  • Imagine intitulată 7114843 2
    2. Împărțiți numărul de nucleotide de citozină și guanină prin numărul total de perechi de baze din secvență.
    • Metoda 2 din 2:
    Programatic (Python 2)
    1. Imagine intitulată 7114843 3
    1. Creați sau acceptați un fișier de intrare. Acest articol presupune că intrarea este în Fasta Format, cu o singură secvență pe fișier.
  • Imagine intitulată 7114843 4
    2. Citiți în fișier. Pentru formatul FastA:
  • Aruncați prima linie a fișierului.
  • Eliminați toate liniile noi și alte spații albe.
    • Defit (secvență): cu Open (Argv [1]) ca intrare: secvență = "".Alăturați-vă ([linia.benzi () pentru linia în intrare.Citește () [1:]]) Secvență de retur
  • Imagine intitulată 7114843 5
    3. Creați un contor. Iterați prin date și creșteți-vă contorul pe măsură ce întâmpinați nucleotide guanine sau citozine.
    • 4
    def Gccontent (secvență): GCCount = 0 pentru litera în ordine: dacă litera == "G" sau litera == "C": Gccount + = 1return gccount
  • Imagine intitulată 7114843 6
    5. Împărțiți numărul GC prin lungimea totală a secvenței și ieșiți rezultatul în format procentual.
    • 6
    def Principal (): Script, Input = ArgvSequence = ""Secvență = Init (secvență) Imprimare "Ondulație.2f" % (float (GCContent (secvență)) / len (secvență))

    sfaturi

    Dacă calculați conținutul GC cu mâna, asigurați-vă că ați verificat dublu! Poate fi ușor să înțelegeți, mai ales dacă analizați o secvență lungă pe hârtie.
    Partajați pe rețeaua socială:
    Similar