Cum să găsiți completarea inversă a unei secvențe adn

Completarea inversă a unei secvențe ADN semnifică conținutul lanțului opus într-o moleculă de ADN. Moleculele ADN sunt construite ca atare, deoarece fiecare nucleotidă are o nucleotidă complementară pe cealaltă parte la care există o legătură non-covalentă.

Pași

Metoda 1 din 2:
De mana
  1. Imagine intitulată 7115146 1
1. Urmăriți prin secvența înapoi, pornind de la ultima nucleotidă din secvență.
  • Imagine intitulată 7115146 2
    2. Pe măsură ce treceți peste fiecare nucleotidă, adăugați nucleotida complementară la următoarea linie, începând șirul complementat din partea stângă a paginii. Amintiți-vă, legături de guanină (g) la citozină (c) și adenină (a) legături la timină (t).
    • Metoda 2 din 2:
    Programatic (Python 2)
    1. Imagine intitulată 7115146 3
    1. Creați sau acceptați un fișier de intrare. Acest articol presupune că intrarea este în Fasta Format, cu o singură secvență pe fișier. Următorii pași presupun, de asemenea, că toate nucleotidele sunt bazele ATGC.
  • Imagine intitulată 7115146 4
    2. Citiți în fișier. Pentru formatul FastA:
  • Aruncați prima linie a fișierului.
  • Eliminați toate liniile noi și alte spații albe.
    • Defit (secvență): cu Open (Argv [1]) ca intrare: secvență = "".Alăturați-vă ([linia.benzi () pentru linia în intrare.Citește () [1:]]) Secvență de retur
  • Imagine intitulată 7115146 5
    3. Creați un tabel hash care hărți fiecare nucleotidă la complementul său.
    complement = {`a`: `T`, `C`: `G`, `G`: `C`, `T`: `A`}
  • Imagine intitulată 7115146 6
    4. Iterați prin secvență și utilizați o căutare de masă Hash pentru a construi secvența complementară. Reverse vectorul rezultat.
    Def Reverse_Complement (SEQ): Baze = [Complement [Baza] pentru Baza în SEQ] Bazele inverse (baze) Bazele de retur
  • Imagine intitulată 7115146 7
    5. Imprimați conținutul vectorului.=
    Rezultat = Reverse_Complement (SEQ) Imprimare ``.Alăturați-vă (rezultatul)

    • sfaturi

    Dacă calculați completarea inversă cu mâna, asigurați-vă că ați verificat dublu! Poate fi ușor să pierdeți o pereche de bază sau să utilizați complementul greșit, mai ales dacă citiți o secvență lungă pe hârtie.
    Partajați pe rețeaua socială:
    Similar